微氧或缺氧條件才能培養(yǎng)出我們需要的厭氧、兼性厭氧微生物,產生我們需要的代謝產物。微氧或缺氧的目的是抑制耗氧的產酸微生物的生長,免使曲坯酸度過高不利于褐變反應的進行而有利于厭氧、兼性厭氧菌的生長繁殖和酶作用的發(fā)揮(淀粉酶、蛋白酶的pH為（4.5~6.4)。比如從高溫曲中分離出的地衣芽孢桿菌、多粘芽孢桿菌、凝結芽孢桿菌等都是兼性厭氧菌。“從制曲釀酒過程中及生產環(huán)境中分離出來的細菌,都是芽孢桿菌屬的細菌。它們一般都是兼性厭氧的”。在高溫曲的制曲過程中,前期的低、中溫階段,是霉菌、酵母或部分細菌在生長,這個階段中溫度較低,水分充足,氧氣含量高。隨著制曲溫度的升高、水分的蒸發(fā)、氧氣的消耗,好氧的霉菌、酵母被陶汰,而耐高溫、只需微氧或缺氧的芽孢桿菌卻大量繁殖“,從第二次翻曲(鄰近幾天正是55~60℃上下的高溫期)起,就檢測不出酵母菌了。酵母菌數(shù)最大值在進房后的第2d,霉菌最大值出現(xiàn)在進房后第11d,細菌最大值出現(xiàn)在進房后第29d。在整個制曲過程中,細菌數(shù)量占優(yōu)勢,一般都占三大微生物總數(shù)的90%以上。出房干曲中,細菌占99%左右,霉菌約占1%,酵母則檢測不出”。值得一提的是,無論是從高溫曲藥、糖化堆積中還是窖內發(fā)酵糟醅中的分離的芽孢桿菌都是兼性厭氧的。高溫制曲過程中的密集堆曲,除了保溫、保濕作用外,就是造成一個微氧或缺氧的環(huán)境,讓耐高溫、耐微氧或缺氧的芽孢桿菌大量繁殖,以獲得我們所需要的香氣物質。相反,低、中溫曲制曲中的堆曲方式、曲塊數(shù)量都是有利好氧微生物生長繁殖的。從這些情況看,高溫制曲的微氧或缺氧是非常必要的。